Ngày 24 tháng 6 năm 1995, Phó tế Michel Aupetit tiến việc được truyền chức linh mục.[1] Tân linh mục là linh mục thuộc Tổng giáo phận Paris, và nghi thức truyền chức cũng do Hồng y Jean-Marie Lustiger, Tổng giám mục Paris chủ sự.[4] SAu khi được thụ phong, ông được điều giữ vị trí linh mục phó xứ giáo xứ Saint-Louis-en-l’Île, sau đó từ năm 1998 đến năm 2001, ông là linh mục phó giáo xứ Saint Paul-Saint Louis, đồng thời kiêm nhiệm thêm vị trí tuyên úy các trường cấp 2 và 3 tại Marais.[2]

Sau đó trong khoảng thời gian từ năm 2001 đến năm 2006, linh mục Aupetit đảm nhận vị trí linh mục chính xứ giáo xứ Notre Dame de l’Arche d’Alliance. Song song với chức vụ trên, từ năm 2004 đến năm 2006, linh mục Aupetit kiêm nhiệm chức vụ quản hạt Pasteur-Vaugirard quận 15 Paris. Kể từ năm 2006, ông là linh mục tổng đại diện Tổng giáo phận Paris.[2]